Поскольку Вы не предоставили ссылку/название организации, я не могу дать более точный ответ, чем этот.
Причин может быть несколько:
- Организация не добавлена на саму Я.Карту и добавляется Я.Бизнесом. К сожалению, встречаются случаи, когда в Я.Бизнесе неправильно указана геометрия, но обычно это не больше чем 50 метров.
- У организации не создан филиал в Я.Бизнесе в другом городе.
- Картографы при редактировании Я.Карты допустили ошибку
В любом случае, можно сообщить об ошибке через Яндекс.Карты или написать в поддержку Яндекс.Бизнеса, там разберутся что конкретно пошло не так