Снять автомобиль с учёта может только собственник. Вступать в наследство на машину отдельно и не нужно. Наследство по частям не принимают. По снятию с учёта советую начать с визита в ГИБДД. попробуйте им документы о смерти передать. Есть вариант, что сами снимут в связи со смертью.