Такой тезис довольно широко распространен, но всё же маргинален - как маргинален противоположный термин "советско-нацистская война". Для начала, эта война была начата в форме агрессии Германии против СССР и имела целью уничтожение любой государственности на территории "жизненного пространства на Востоке", никаких компромиссов (даже такого, как номинальное существование чешской государственности под протекторатом Германского рейха - стоит напомнить, всё время существования протектората Богемии и Моравии функционировало его собственное правительство во главе с "президентом государства", нем. Staatspräsident) и, соответственно, создания и легитимации конкурирующего с советским правительства не предусматривалось. Эта война была начата и развивалась вплоть до самого конца как агрессия одной страны против другой.
Может последовать закономерный вопрос - отличительной чертой советско-германской войны был массовый коллаборационизм советских граждан, в том числе вооружённый. Одной из характерных черт советского коллаборационизма были разного рода институции - чаще всего создаваемые на основе национальной, а не какой-либо политической идеи (русские, прибалтийские, украинские и т.д.) Но во всех случаях (кроме не сыгравшего почти никакой роли "Комитета освобождения народов России") у этих формирований не было никаких источников легитимности - ни одно такое движение не имело преемственности от могущего считаться законным или кем-либо признанным правительства, ни одному из них не было дано не то чтобы признания, а даже минимальных гарантий такового со стороны немецкого правительства, ни одно из них не имело массовой поддержки в народе, который какое-либо из них пыталось представлять.
Важнейшей особенностью вооружённого коллаборационизма было формирование большинства воинских формирований в качестве полицейских частей, для которых не предусматривалось использование на фронте против Красной армии (да, есть заметные исключения вроде "тюркской" дивизии, украинских батальонов "Нахтигаль" и "Роланд" и некоторые другие; политика нацистов по отношению к национальностям оккупированных территорий имела некоторую дифференциацию), при этом в большинстве случаев это была узаконенная задним числом импровизация местного армейского командования. Это особенно характерно для русского "освободительного движения" - все без исключения русские части возникали как полицейские формирования, нёсшие службу исключительно в интересах оккупантов под их же командованием. Эти формирования могли формироваться как "военное крыло" каких-то политических (или квазиполитических) сил, но их место и роль были жёстко определены немцами как вспомогательная охранная сила оккупированных территорий. Исключения, разумеется, были, но это были классические "исключения, подтверждающие правило" и касаться их детального рассмотрения я не буду (т.к. написано и так уже слишком много). Поэтому, как думается, тезис о советско-германской войне как о "второй гражданской" не имеет под собой оснований.