Да, такую обувь маркировать придется.
Ремесленники могут не маркировать обувь, если продают ее, как услугу по пошиву обуви.
Но как товар, а через маркетплейс это именно так - придется регистрироваться в ЧЗ как производитель, покупать термотрансферный принтер этикеток, получать, печатать и клеить коды.