Здравствуйте! Могу ли я продлить регистрацию в МФЦ на второй год по трудовому договору? Я гражданка Киргизии.

Вы не указали город. В некоторых можно, в Санкт-Петербурге например нет. Важно кто выступает принимающей стороной. Если организация, то через УВМ.
Если гражданин, то можно и через мфц