Здравствуйте. Скорее всего владелец(кто продавал вам авто) либо недавно поставил автомобиль на учет и получил новые номера, либо делал сохранение старых гос знаков, по этому у вас в программах по проверки автомобиля отбивается старый номер который был указан в птс, так как к ним информация о новом номере еще не дошла.
Для вашего успокоения можете подойти к любому инспектору дпс и проверить ваш автомобиль. Но я думаю что проблем у вас никаких не будет и это просто не обновилась база по номерам.