Я гражданка России и Эстонии, хочу выехать с семьёй на ПМЖ из России в Эстонию. Разрешат ли мне пересечь границу?

Согласно распоряжения Правительства РФ от 27 марта 2020 г. N 763-р

В целях предупреждения проникновения на территорию Российской Федерации новой коронавирусной инфекции и в соответствии со статьей 9 Закона Российской Федерации "О Государственной границе Российской Федерации" и статьей 31 Федерального закона "О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения":

1. Минтрансу России совместно с ФСБ России, ФТС России и Роспотребнадзором с 00 часов 00 минут по московскому времени 30 марта 2020 г. временно ограничить движение через автомобильные, железнодорожные, пешеходные, речные и смешанные пункты пропуска через государственную границу Российской Федерации, а также через сухопутный участок российско-белорусской государственной границы.

Но есть исключение, касающееся Вас:

граждан Российской Федерации, имеющих также иное гражданство либо вид на жительство или иной действительный документ, подтверждающий право на постоянное проживание в иностранном государстве, для однократного выезда из Российской Федерации к месту постоянного проживания;

Согласно данного распоряжения имеете право на однократный выезд из РФ.

Само распоряжение можете почитать Распоряжение ПРавительства РФ от 27.03.2020 № 763-р