Если причина протечки это ненадлежащее содержание фасада (а остекление балконов это часть фасада), то надлежащим ответчиком будет управляющая компания.
Если вы сняли остекление, то да, виноваты.
Но, скорее всего, причина в некачественной гидроизоляции балкона, а тут зона совместной ответственности. Посмотрите, ели содержание покрытий балконов передано УК (или это подразумевается исходя из более крупного вида работ), то виноваты однозначно они.
Подробнее про возмещение убытков: http://corprf.ru/corporations/advokat-po-arbitrazhnyim-delam/vzyiskanie-ubyitkov/