Закончил военное училище, но в армии не хочу оставаться, можно ли перевестись в другие структуры и сложно ли?

Конечно можно, для этого необходимо обратиться в кадровую службу интересующей структуры до увольнения. Обычно ведомства размещают вакансии на своих сайтах в открытом доступе.