Не за что, а зачем:
Для устрашения, как и весь красный террор с его заложниками. Ну и "до основания" же разрушать хотели;
Для устранения возможных конкурентов - всё-таки не исключено, что при победе белых Учредительное собрание утвердило бы передачу трона Михаилу или Алексею.
Это же борьба за власть, в ней все средства используют (турецкие султаны и вовсе братьев убивали по восшествии на трон), а Ленин был очень прагматичный человек, и очень ловкий - от врагов избавился, а следов не оставил (коммунистические вожди в этом мастера), наивно считать, что такая важная акция не была согласована с ним - головы бы комиссары Красного Урала не сносили за самодеятельность.