И первое и второе верно )
Конечно краски в то время были не такими яркими как сейчас, и художники искали способ использовать ограниченную цветовую палитру, это раз. При этом они очень мастерски использовали эту палитру, например зеленоватая "фигня", рядом с красной "фигней" давала ощущение хорошего цветового контраста. Старые художники могли выжать из нескольких пигментов все что только можно. Современные химические краски гораздо ярче.
Вторая причина - сохранность красок. Краски со временем выцветают, вступают в химическую реакцию друг с другом, с воздухом, реагируют на свет, нагрев, и иногда превращаются не совсем в то чем были ) Опять же современные краски еще не прошли испытания временем, может быть они и 50 лет не протянут, а через 400 будут выглядеть одинаковым серым слоем. Так что старые мастера скорее всего тут тоже были специалистами и за одно это только можно их ценить )
И третья (основная) причина - лаки. Слой лака сильно желтеет, вбирает в себя грязь и т.п. Помочь может только частичная или полная реставрация, снятие лака, нанесение нового, но это процесс кропотливый, не все картины есть возможность реставрировать...
Так что радуемся тому, что сохранилось, и восхищаемся мастерством этих людей, способных использовать в буквальном смысле землю для создания шедевров.