Если в связи с исполнением договора был получен облагаемый налогом доход, налоговая вне зависимости от регистрации договора имеет право требовать уплаты налога в бюджет.
Если компания получила доход, который облагается налогом, то да. Регистрация договора (Где регистрация? Что за регистрация? У нас в штате нет ясновидящих) не имеет отношения к налогообложению.
Если в связи с исполнением договора контрагентами был получен доход, то он по общему правилу облагается налогом на доход вне зависимости от факта регистрации договора. Если же договор должен был быть зарегистрирован в соответствии с нормами действующего гражданского законодательства, но зарегистрирован не был - такой договор является недействительным и все переданное по нему подлежит возврату, а налоговая служба не может потребовать уплаты налогов с дохода по такому договору.