Настолько мне известно, то в данной программе нельзя так сделать (собственно как и в любой другой). Формат FB2 подразумевает использование файлов на мобильных устройств, у которых дисплеи меньше, чем на ПК. Из-за небольшого размера экрана разработчики не стали делать такую возможность, ведь какой смысл пихать сбоку текст, который будет как "каша" смотреться на маленьком экране.
Для красивого редактирования, оформления текста используют текстовые редакторы типа Word. Файлы его уже можно конвертировать в PDF и в другие форматы, в тот же FB2. Можно воспользоваться онлайн сервисами, по конвертации, но не факт, что получиться разместить текст сбоку, максимум одну строчку.