До не давнего времени самым популярным, простым и безопасным средством была программа TrueСrypt. На данный момент Трукрипт не поддерживается разработчиками и использовать ее не советуют. На базе кода(форка) Трукрипта была создана бесплатная и открытая система под названием VeraCrypt . В данной программе улучшены функции, исправлены уязвимости трукрипта и есть поддержка разработчиков. ВераКрипт так же имеет функцию двойного шифрования. Перед использованием, рекомендую, прочесть инструкцию:)