Если углубляться в морфологию, капкейк (cup - кружка, cake - кекс) - это кекс, испеченный в кружке. Отсюда и их текущая форма и размер, будто их пекли в простой кофейной чашке. Уже после на них начали появляться шапочки из крепа и прочие украшения. С этой точки зрения капкейк и маффин - синонимы.
В современной России маффином называют бисквит, испеченный в той самой форме "капкейка", а капкейком называют маффин, украшенный кремом и прочими элементами декора.