Зависит от ваших потребностей и интересов. Я путешествовала по Японии три недели в 2017 году. Насколько мне известно, цены в стране и курс йены к рублю не изменились особо. Путешествие было на грани бомж-трипа, и я уложилась в 100 тысяч рублей (с перелетом из Москвы). Но поездку почти не планировала, почти все билеты покупала на месте и жилье могла искать за день до заселения. Вот несколько лайфхаков, как удешевить поездку, если вам не принципиально жить в отеле в центре, брать экскурсии, ездить на такси и три раза в день есть в ресторанах.
Жилье в больших городах доступное. Отели, как писали выше, около 2000 рублей найдете (махонькая комната с кондиционером). Простые хостелы могут стоить 800-1200 рублей. Но бронировать жилье лучше заранее.
Метро дешевым не будет. Проездных там нет. При пересадке на ветку другой компании нужно платить опять. Выручает правильная логистика дневного маршрута. Один день - один район. Можно взять велосипед напрокат. Я не пробовала, но мне говорили, что стоит это около 1000 йен в день. Или 2000? Не помню)))