Это зависит, в первую очередь, от зарядного устройства.
На сегодняшний день все цивилизованные компании кладут устройства, которые отключаются при отсутствии телефона или его полной зарядке, то есть они не греются и их основная функция не используется. Тем не менее там есть схема, которая контролирует появление телефона, и она работает постоянно, время наработки на отказ вырабатывается.
Так же необходимо сказать, что подключение - отключение устройства зарядного это тоже небезвредный процесс, не даром большинство поломок происходит при включении питания. Что более вредно - большой вопрос. Скорее, постоянное включение - выключение.
Но! С точки зрения пожарной безопасности, не выключать устройство не правильно. Если с ним что-то случится, пока вас нет в квартире, последствия будут самыми печальными.