В уставе школы написано: учащиеся не могут самовольно покидать школу до окончания уроков. Это противоречит закону о свободном передвижении?

В таком случае, правом на свободное передвижение можно оправдать многое, например, переход улицы пешеходом в неположенном месте. )))

Это хороший вопрос и в общем хороший ответ на него уже дала Анастасия Толмачева. Я лишь хочу дополнить ее ответ юридической справкой.

Конечно, речь не может идти о незаконном лишении кого-то свободы, насильственном удержании. Даже ребёнка. За это предусмотрена уголовная ответственность (ст. 127 УК РФ). 

Согласно ст. 43 Федерального закона от 29.12.2012 № 273-ФЗ «Об образовании в РФ», обучающиеся обязаны (в числе прочего):

1) добросовестно осваивать образовательную программу, выполнять индивидуальный учебный план, в том числе посещать предусмотренные учебным планом или индивидуальным учебным планом учебные занятия, осуществлять самостоятельную подготовку к занятиям, выполнять задания, данные педагогическими работниками в рамках образовательной программы;

2) выполнять требования устава организации, осуществляющей образовательную деятельность, правил внутреннего распорядка, правил проживания в общежитиях и интернатах и иных локальных нормативных актов по вопросам организации и осуществления образовательной деятельности.

С другой стороны, как верно отметила Анастасия, школа несёт ответственность за жизнь и здоровье обучающихся за весь период их нахождения в школе, предусмотренный расписанием уроков и внеурочных занятий (ст. 28 закона № 273-ФЗ). Это очень серьезная ответственность. В моей практике не раз бывали случаи, когда суд признавал школу полностью виновной и обязывал возместить вред здоровью ребёнка. Причём даже тогда, когда он был причинен ему непосредственно другим обучающимся (например, один мальчишка ради шутки вытащил стул из-под другого, что кончилось компрессионным переломом позвоночника). Существует презумпция вины школы - то есть школа виновата по умолчанию, просто потому, что дети находятся в это время в школе. Иногда удаётся доказать отсутствие вины школы или возложить ответственность частично на родителей причинителя вреда - но это редкие случаи.

И заметьте, в вашем случае речь идёт не вообще о запрете «покидания» школы, а лишь о запрете самовольного ухода, когда о таком уходе не поставлены в известность дежурный учитель, классный руководитель, завуч и родители.

Представьте себя на месте родителя, который приходит в школу и узнает, что его ребёнок ушёл на перемене в неизвестном направлении. Вряд ли его устроят ваши объяснения, что это он так реализовал своё право на свободное передвижение.