В организме еда всасывается в ЖКТ только в виде молекул, ведь так?

Молекулы бывают разные. Есть очень большие молекулы - полимеры, которые состоят из одинаковых частей - мономеров.

Есть молекулы среднего или довольно малого объёма (конечно, на молекулярном уровне).

Есть молекулы, которые в воде диссоциируют, т.е. распадаются на две заряженные частицы - иона.

Всасываются только мономеры или относительно небольшие молекулы типа витаминов. Но для всасывания витаминов нужны дополнительные вещества, без которых часто витамин может просто проехать мимо.

Жирорастворимые вещества небольшого размера могут проникать через мембрану клеток эпителия кишечника при помощи диффузии (но сильно водонерастворимым веществам трудно из мембраны проникнуть в водный цитозоль).

Всасывание из ЖКТ протекает по разным механизмам. Никогда не всасываются биополимеры и жиры в неизменном виде. Они подвергаются гидролизу на мономеры, а жиры (масла) на глицерин и анионы жирных кислот.

Мономеры (аминокислоты, глюкоза и некоторые др.) просто так клеточную мембрану часто преодолеть не могут, поскольку хорошо растворимы в воде. А клеточная мембрана - это водонерастворимая преграда (плазматическая мембрана из 2 слоёв, которая состоит из липидов), поэтому имеются специальные переносчики нужных молекул. Иногда этот процесс требует затрат энергии.

Нужные ионы тоже преодолеть мембрану не могут и для них тоже предусмотрены специальные переносчики.

Так все нужные вещества проникают в кровь и лимфу и разносятся по организму в нужные места.

Однако очень в небольшой степени биополимеры могут преодолеть эпителий кишечника при помощи фагоцитоза (это когда частичка захватывается мембраной, впячивается внутрь и отшнуровывается с содержимым извне).