Для начала нужно зарегистрироваться в личном кабинете налогоплательщика ИП на сайте nalog.ru.
На сегодняшний день программ автоматизированных и с частичным сопровождением на рынке достаточно много. Перед тем как выбрать программу, в которой вы будете вести учет, нужно сначала определиться с тем что вам нужно, я имею ввиду: вы сами должны разобраться в своей системе налогообложения. Понять какие платежи для вас будут обязательными, какова будет их очередность и периодичность.
ИП на УСН 6% должен вести Книгу учета доходов и расходов (КУДиР), за отсутствие данных регистров грозят штрафные санкции до 30000 руб. (п. 1, 2 ст. 12 НК РФ). В начале деятельности этот регистр можно вести в Excel. Она предоставляется в налоговую по требованию (запросу).
Для составления платежных документов поможет бесплатный сервис налоговой https://service.nalog.ru/payment/#ip.
Отчётность ИП на УСН - это налоговая декларация по УСН, которая сдается по окончании года до 30 апреля. Здесь тоже может помочь бесплатный сервис налоговой https://service.nalog.ru/nbo/. Для подготовки отчета необходимо использовать программу Налогоплательщик, которая также бесплатно предоставляется налоговой.
По моему опыту лучше ИП найти хорошего консультанта и помощника в определенных задачах что бы самому контролировать налоговые вопросы, а основное время посвящать рабочим процессам и развитию.