Прага популярна, и за что её так любят?) Дешевле всего до неё добраться, если использовать поисковики билетов Авиасейлс, Skyscanner, БилетыПлюс и свою смекалку. Поисковики сравнивают цены сотен авиакомпаний и находят лучший вариант. Можно использовать их календарь цен. Выбрав любой месяц, можно увидеть минимальную цену, которая появлялась в системе.
До Праги есть прямые рейсы из разных городов России, смотря откуда лететь планируете. Самые недорогие прямые рейсы у авиакомпаний Czech Airlines, "Аэрофлот", Ural Airlines. Можно попасть на акцию/скидки, но это если у вас работа такая, что вы можете себе позволить, резко сорваться и улететь.
Если с пересадкой рейсы тоже интересны, то из Европы в Прагу уж очень дешевые билеты могут быть, особенно если лететь лоукостерами. А вот взять, например, авиакомпанию Aegean, которая предлагает перелет в Прагу со стыковкой в Афинах, или Air Serbia, перелет в Прагу со стыковкой в Белграде. В этих вариантах перелеты по хорошим ценам, но главное, чтобы вас длительная дорога не утомляла.