Mushishi и Mononoke своеобразны в этом плане. Рушат наивный реализм, атмосфера фантазии, в чем то даже пугающие. Иррациональное поведение людей описывается влиянием извне, при этом чаще не умышленным. В тоже время можно заметить множество метафор, от того, что с монстром под кроватью следует дружить, до того, что иногда самый ужасный монстр для человека это он же сам. Mushishi ещё про гармонию, про наше отношение к неизведанному, нашу ксенофобию.
Соглашусь с incrd blegh, ведь хорошее аниме достаточно часто несёт в себе философию. Только она не всегда строится на протяжении всего аниме так же как идея "Тварь ли я дрожащая..." в Death Note. Но можете закидать камнями, даже такие казалось бы чисто развлекательные аниме как Fate, Naruto и Sailor Moon имеют очень много сильных идей, да и многому могут научить (в отдельных персонажах, сюжетных линиях, чаще всего в антагонистах).
Студии почти всегда экранизируют мангу, манга не обладает яркой визуальной эффектностью, в ней должна быть идея, что бы она стала интересной и идея попала на экраны. Думаю это и есть фактор наличия в аниме философских вопросов. Иногда есть стили, пронизанные философией, тот же киберпанк.
Ajin ещё