В JavaScript был метод which. Сейчас, когда я применяю его, редактор кода показывает этот метод зачеркнутым. Чем сейчас его заменили?

В стандартной реализации языка такого метода нет. Есть свойство события с клавиатуры.

event.which

Однако это свойство устарело, оно все еще поддерживается браузерами, но не рекомендовано к использованию. Заменить можно свойствами.

event.key

или

event.keyCode

Возможно Вы использовали какую то библиотеку реализующую метод с таим названием, например такую https://www.npmjs.com/package/which О которой, по умолчанию Ваш IDE конечно не знает, поэтому подчеркивает.