Не было. И вот почему. В христианстве есть чуждое большинству религий понятие об ортодоксии, то есть единственно правильном исповедании данной веры. Такое, в основном, характерно для религий, где есть один основатель и одно учение, но не для всех. Для буддизма, например, не характерно. Когда есть ортодоксальное, то есть и неортодоксальное. А когда ортодоксального нет?
У древних египтян были общегосударственные боги и локальные. Общегосударственные почитались везде. Никаких свидетельств о том, что там были споры о том, какое почитание правильное, а какое неправильное, нет. То, что в одном городе больше почитался один бог, а в другом - другой, это просто ранняя эпоха. Все храмовые комплексы в династический период были посвящены Солнечному богу, а внутри них уже были святилища других божеств. После утраты независимости было уже, конечно, не так.
Что касается Аменхотепа IV (Эхнатона), то он осуществил реформу, которая просуществовала очень недолго. Причём бог Атон, которого он объявил единственным, почитался ещё задолго до Эхнатона, но никогда не претендовал на исключительность.
Если какие-то богословские споры в Египте были, о них ничего не сохранилось. Но, скорее всего, их не было.