У них разные векторы (у Спутника, по крайней мере, про другие российские не интересовался отличиями).
Вектор - это в данном случае аденовирус, у которого вместо опасной части помещён спайк-белок, который есть и у коронавируса. Аденовирусный вектор используется потому что он самый знакомый, надёжный и безопасный (по сути, это вирус, который вызывает то, что в народе зовут "простудой").
И вот именно виды этих аденовирусов используются в первой и второй дозе разные - благодаря этому организм вторую прививку видит не как что-то знакомое, а как новый вирус, и даёт на него полноценный иммунный ответ.
Больше никаких отличий между ними нет, да и это - не сильно критичное. Например, в вакцине Astrazeneca оба компонента одинаковые, но она вполне себе работает.
Не белок коронавируса. Надо бы поправить текст.