Осознание - это получение информации от органов чувств, констатация факта. Осознают что-то. "И тут я осознал, что проехал остановку".
Понимание - это выявление причинно-следственных связей. Понимают причины. "Я понял, почему не было объявления об остановке".
Исторически, конечно, "понимать" - от "внимать", но с тех пор много воды утекло и идея причинно-следственных связей стала на порядки более важной. Соответственно понадобился и термин, означающий именно это, и в слово "понимаю" теперь всё больше вкладывается новое значение. Но старое употребление пока тоже осталось.