Если рассуждать метафизически, то все организмы ( прионы, плазмиды, прокариоты, эокариоты) формируют одну общую биомассу. И патогенность микроорганизмов по отношению к макроорганизму, можно рассматривать как форму паразитизма. Биологический смысл этот процесса можно рассматривать, как одну из направляющих сил естественного отбора в эволюции.
В качестве иллюстрации: ВИЧ поражает только людей и некоторые виды обезьян, но результате мутации гена CCR5, в популяции появились люди устойчивые к ВИЧ. Поэтому в эволюционном плане большинство нормальных людей должно сдохнуть от СПИДа, а остаться должны только мутанты.
Понимаете, нет никакого целеполагания в биологии. Просто это форма жизни, которая приспособилась жить, потихоньку причиняя вред другой форме. Но это не цель жизни бактерий, им наше здоровье не важно.
Да и не обязательно причиняя вред! ;)