В чём биологический смысл существования патогенных микроорганизмов?

Про вирусы уже писали, ссылки ниже. А бактерии, только часть из них наносит вред, а большая часть просто наши соседи. Часть из них очень полезны. 

1. Цианобактерии -- древнейшие организмы (вернее, ближайшие их родственники) Земли производят до 20% атмосферного кислорода.

2. Гниение -- перерабатывают останки, участвуют в почвообразовании. 

3. Брожение (различные виды) -- по википедии:

По Штейнкраузу (Steinkraus; 1995), брожение пищи выполняет пять главных задач:

• Обогащение видов пищи разнообразием вкусов, ароматов и текстуры

• Сохранение существенного количества пищи с помощью молочной кислоты, алкоголя, уксусной кислоты и щелочного брожения

• Биологическое обогащение пищи протеинами, важными аминокислотами, важными жирными кислотами и витаминами

• Детоксификация в процессе брожения пищи

• Уменьшение времени и затрат на приготовление пищи

Т.е. кефир, пиво, хлеб, множество всего помогают получать бактерии.

4. Некоторые бактерии используются как естественные враги, например, насекомых-вредителей. Это безопаснее чем ядохимикаты.

5. Бактерии живущие в кишечнике участвуют в переваривании пищи и синтезе витаминов. 

6. Бактерии участвуют в образовании полезных ископаемых (так как взаимодействуют с азотом, серой, углеродом). Подробнее тут. 

Да, я не обратил внимание, что вопрос про патогенных.

Относительно отдельно именно патогенных -- "смысл" здесь понятие неприменимое. Роль -- да, роль у них есть.

Как по ссылке про вирусы:

"являются механизмом адаптации (изменяют стандартную физиологическую схему, а дальше уже выживают те, для кого такое изменение полезно)."

И надо рассматривать каждый случай отдельно. Возможно то, что убивает является ближайшим родственником чего-нибудь полезного. Дальним то родственником точно является. И все вместе они "комплект". Если есть "полезное", то из за свободных мутаций родится из "полезного" и "вредное". Или наоборот.

P.S. Из свежих новостей. Обнаружено, что одни из первых и наиболее распространенных бактерий -- цианобактерии в ходе своей жизнедеятельности обогащают океан органикой, которая затем может быть, как минимум пищей для других организмов. Подробнее: elementy.ru

Что произойдет, если уничтожить все биологические вирусы на Земле?

Зачем вообще человечеству нужны вирусы? Откуда они возникают?