Предположу, в том, что первую назначает суд, а вторую Вы можете заказать самостоятельно до судебного разбирательства.
Например, у меня были кроссовки. Я покупал их у достаточно известного немецкого бренда с тремя полосками. Бренд не устанавливает срок гарантии. А значит по Российским законам он равен двум годам. После первого года использования кроссовки "развалились". Я обратился в отдел где покупал кроссовки с просьбой возврата средств. Мне отказали. Я заказал экспертизу, оплатил ее. Обратился повторно, приложив к своему заявлению экспертный отчет. Получил возврат за обувь + стоимость экспертизы.
Если бы магазин отказался, то нет гарантии что суд принял бы отчет проведенной мной экспертизы. Потребовалось бы экспертиза назначенная судом. Тогда я и магазин выдвинули бы в качестве экспертов свои предложения. Тот, кого бы выбрал суд и стал бы судебной экспертизой, потому что заказчиком стал бы суд.