В используемом векторе. В российской вакцине "Спутник V" - это векторы на основе двух разных аденовирусов человека, HAd26 и HAd5 (первый и второй укол, соответственно). В оксфордской вакцине от AstraZeneka вектор один, и создан он на основе аденовируса шимпанзе с вставкой 3 генов HAd5 (чтобы быстрее нарабатывался в используемых под эту цель культурах). И то, и другое (использование двух векторов, использование нечеловеческого вируса в качестве основы вектора) сделано для решения одной задачи - обойти возможный адаптивный иммунный ответ человеческого организма на сам вектор у людей, перенесших аденовирусную инфекцию, что помешает формированию высокого иммунитета против SARS-CoV-2. В одном случае использование двух вирусных векторов понижает шансы, что вакцина сработает слабо из-за ответа на вводимый аденовирус (вряд ли у человека будет напряженный иммунитет против обоих типов сразу), в другом - наличие напряженного иммунитета практически исключено, ведь вирус в основе вектора обезьяний, люди с ним никогда не сталкивались.
Второй подход кажется более надежным, но у него могут быть свои подводные камни, о которых судить пока трудно (тем не менее заявленная эффективность вакцины от AstraZeneka пока существенно ниже).
Используемый в вакцинах фрагмент генетического материала коронавируса SARS-CoV-2, доставляемый векторами, принципиально не различается.
Дополнение: на самом деле цель (и важное преимущество) схемы двух векторов "Спутника V" - в избегании не только предсуществующего иммунитета к аденовирусам, но и в избегании иммунитета к аденовирусному вектору, индуцированному первой дозой. Таким образом вакцина от AstraZeneka хоть и использует вектор на основе вируса шимпанзе, к которому изначально в человеческой популяции нет иммунитета, её вторая доза неизбежно наталкивается на иммунный ответ против использованного вектора, так как в первой дозе он тот же самый.