Причины разнообразные, виды разнообразные, и даже объект нетерпимости бывает немного разный.
В целом гомосексуалов 2-4%. Согласно опросу ФОМ непосредственно знакомы с гомосексуалами только 20%. Знакомство с объектом нетерпимости минимальное. Те, кто знаком – относятся намного лучше. Это означает, что гомофобия это в основном продолжение других явлений и идей (например, мизогинии) или скопированное мнение окружения.
Собственно, одна из причин – мизогиния, представление о женщинах как о худших. А в зависимости от культуры люди умозаключают, что гомосексуалы похожи на женщин. Но необязательно все гомосексуалы: в Древнем Риме и российской тюремной культуре акцент на проникновение как на акт доминирования/унижения, и презрения заслуживает только пассивный партнер, а активный молодец.
Более общая причина – иерархичность общества и социальный климат. Очень агрессивный социальный климат бывает в принудительно созданных закрытых обществах на ограниченных ресурсах: тюрьмы, детские дома, в меньшей степени школы. Это сообщества с "нулевой суммой" или почти – чтобы что-то получить, нужно отнять у другого, чтобы подняться, нужно унижать других. В таких обществах люди простоянно проверяют друг друга на прочность и сбрасывают друг друга вниз по иерархии при первой возможности. Обвинения (только обвинения) в гомосексуальности – однин из инструментов для этого. Когда люди выходят из названных мест, они распространяют свою культуру.
Другая причина – авраамические религии, которые ввели запрет на гомосексуальность и кучу других запретов. Вероятно, нетерпимость и радикальность помогла в том числе христианству обособиться от других культов и распространиться.
Если общество светское, то вылезают другие, "рациональные" причины. Евгеническая паника "они ненормальные", медицинская паника "они разносят болезни", демографическая паника "все такими станут, они снижают рождаемость", детозащитная паника "они насилуют детей". Популярна евгеника на поломаной логике "они не пройдут естественный отбор!" (уже прошли), "они не рожают, тупиковая ветвь эволюции, нужно их гасить" (обход принципа Юма, скромные познания об эволюции).
Значительный фактор – коллективная психология. Гомосексуалов можно вопринимать как отдельных людей или как социальную группу. Если у человека нет открытых знакомых-гомосексуалов, и нет выработанного терпимого отношения ко всем другим социальным группам, у него включится первобытная агрессия "чужие, пришельцы, плохие, прогнать копьями". Все такие суждения резко определены фактором "свой-чужой": если русские живут на 10 лет меньше французов – человек сделает вывод, что им нужно помогать и они не виноваты. Любое техасское исследование о неблагополучности гомосексуалов – "загнобить или изолировать их от общества". Сюда же идут "они против нашей культуры, чужие!", "а что будет если они поднимут голову?!" и т.д.
Еще фактор – авторитарность личности (религии, идеологии, государства). Отношение человека или государства к меньшинствам зависит от того, насколько он привык контролировать/унифицировать реальность вокруг себя. Установление правил это иногда непосредственно власть, иногда ее демонстрация. Гомофобия может идти добавкой к "мании контроля", у человека, у организации или целого государства. Авторитарные государства обязательно контролируют сексуальную жизнь, авторитарным личностям не нравится существование людей с другим взглядом и другими вкусами.
Причина проста. Здравый смысл.
Но не только ради размножения же, люди сексом занимаются, те же натуралы, есть контрацепция, чайлдфри и тп.