Уже этимологически баптизм обнаруживает свою идентичность в вопросе крещения, утверждая, что оно должно быть сознательно.
продолжая традицию протестантов, баптисты придерживаются Лютеровского принципа Solo scriptura, который подразумевает, что только Писание является источником веры, отрицая при этом церковное предание (хотя у Лютера, согласно В.В. Болотову, речь была немного о другом).
баптисты отрицают почитание икон, мощей, святых, в том числе и молитвы к последним, а также отрицают молитвы за умерших.
баптисты утверждают, что уже спасены своей верой, тогда как православные говорят, что еще не спасены, пока находятся на поприще земной жизни (и те и другие признают, что спасение от веры).
в православии и баптизме принципиально разное понимание причастия. Для ортодоксальных христиан в таинстве евхаристии хлеб и вино становятся реальными телом и кровью по существу, тогда как для баптистов хлеб и вино являются лишь символами тела и крови.
все остальные таинства православной церкви, кроме крещения и причастия, для баптистов не имеют значения (миропомазание, исповедь, венчание, священство, соборование).
баптисты иначе понимают апостольское преемство, утверждая, что цепь рукоположений (которая есть только у православных и католиков) не имеет значения, а важно только преемство веры и духа от апостолов.
баптисты иначе понимают священство и иначе понимают "царственное священство".
одной из главных задач баптиста является евангелизация (т.к. спасение уже достигнуто), тогда как для православного человека это, в первую очередь, подвиг и обожение.
у баптистов не принято молиться по молитвословам.
много отличий можно встретить у баптистов в форме богослужения (больше проповедей, чтения Писания и меньше молитв), проповеди (более эмоциональная), молитве и аскезе (православное учение о молитве состоит из многих ступеней и совершается под духовным руководством, тогда как у баптистов учение о молитве гораздо проще), отношении к мистике и Святому духу (в православной традиции не принято оказывать доверие к являющимся духам), правилах быта (жизнь ортодоксального христианина более регламентирована), истории наконец. Ну а все отличия едва ли возможно указать.