Теоретически ни в чем. Главное различие в материале изготовления. Металлофон сделан из металла, что следует из названия. Ксилофон обычно из дерева. По нынешним временам, возможно, уже и пластик приспособили. Ну а материал сильно влияет на особенности звучания.
Скажем так, металлофон - разновидность ксилофона.
Металлофон и ксилофон — это ударные инструменты. Отличие металлофона от ксилофона в материале из которого изготовлены планки по которым ударяют молоточками. Планки ксилофона изготовлены из дерева, металлофона — из металла. Звук металлофона более яркий и звонкий, громкий. Ксилофон звучит чуть приглушеннее и мягче.