Сначала в настройках программы во вкладке "зарплаты и кадры" необходимо поставить галочку напротив пункта "вести учёт больничных, отпусков и т.д.". Затем в журнале начислений создать "больничный лист". В больничном листе рядом с суммой среднего заработка жмём "изменить". В этой форме вручную вносим необходимые данные.
P.S. подробнее и с картинками можно посмотреть вот здесь http://buhuchet-info.ru/s-predpriyatie/1939-nachisleniya-po-bolnichnomu-listu.html