Отсутствие самого обходного листа не является основанием к отказу в увольнении. Если Вы предупредили работодателя об увольнении за 2 недели , с вами вовремя произвели расчет в рамках трудового договора и выдали Вам трудовую книжку, значит увольнение состоялось. Если даже по обходному листу Вам нужно было сдать какие-нибудь материальные ценности (спецодежду, пропуск, телефон и т.д.) и Вы это не сделали, то к трудовым отношениям это не имеет отношения.
Даже если Вы материально ответственное лицо и вам нужно передать что-то серьезное, Вас должны уволить вовремя, а взыскать что-либо могут только через суд.
Если же в Вашей организации практиковалась выплата "серой зарплаты", то отсутствие обходного может повлиять на выплату этой части.