Есть несколько вариантов для достижения вашей цели:
создать установщик, который установить всё необходимое и пропишет вашу программу в меню (подойдёт для Windows)
использовать инструментарий сборки: для Gradle можно использовать плагин gradle-launch4j, для Maven использовать плагин launch4j-maven-plugin, или использовать jpackage из JDK 14