В редакторе Unreal можно управлять версиями. По умолчанию есть поддержка Git, Perforce и SVN. Что лучше использовать, сказать сложно. Разработчики и целые студии используют разные варианты, чтобы координировать свою работу.
В качестве системы контроля версий можно использовать TFS Online или Source control, они включают в себя функции совместной правки и вполне могут работать с разными версиями данных на базовом уровне.