Если под корнем зуба была "киста", это уже говорит о том, что корни не были совсем здоровы. Т.е. причиной этого воспаления являлась инфекция в корневых каналах. Возможно ли было эти каналы перелечить сейчас уже нельзя сказать, но если врачи приняли такое решение, то скорее всего оно было обоснованно.
В любом случае, возместить дефект наверняка получится с помощью дентального импланта. Обратитесь на консультацию через 3-4 месяца после удаления.