У нейлоновых гитарных струн всегда так, что верхние три с обмоткой, а нижние три без?

Всегда три струны будут в оплетке, это техническая необходимость!

Гитара - это много функциональный инструмент, она должна сочетать функции разных инструментов. Тембр басовых струн должен отличаться от тембра верхних струн. Так же это обусловлено тем, что басовые струны звучат низко, но при этом должны давать такую же нагрузку на гриф как и высокие струны. Т.е. чисто теоретически можно сделать толстые струны без оплетки, но они будут хуже сбалансированы по натяжению и яркости звука.