У меня на Яндекс кю в верхнем правом углу горит красная цифра 2, как её убрать? Да и вообще, что это?

Вам нужно нажать на неё и посмотреть, в каком из сервисов у вас 2 непрочитанных уведомления. Скорее всего это Почта. Нужно зайти туда и прочитать эти два письма или просто пометить их прочтёнными.