Если речь идет о Московской области, то разрешение на строительство магазинов выдает Министерство жилищной политики. Однако, учитывайте, что получение разрешения - совсем не тривиальная задача и лучше обратиться к специалистам, которые смогут подготовить разрешительную документацию. Например к нам. Позвоните нам, proektago.ru