Константин, здравствуйте.
Вообще, было бы странно ожидать, что вся научная и академическая деятельность могла бы сконцентрироваться в Москве и Петербурге. В крупных регионах есть свои потребности, и обеспечивать их через центр было бы неэффективно в силу удалённости.
В частности, далеко не все абитуриенты хотят и готовы ехать в столицы. Это дает возможность лучшим региональным ВУЗам набирать достаточное количество способных студентов из своих округов. А это крайне важно, чтобы добиваться высоких образовательных результатов.
Также потребности местной экономики трудно учесть и удовлетворить в полной мере дистанционно.
Поэтому, можно сказать, что если бы сильных региональных ВУЗов не было бы, то они бы возникли.
Те ВУЗы, что Вы перечислили, являлись ведущими научными центрами еще со времен СССР, и им удалось сохранить хорошую научную и материальную базу. На данный момент они имеют статус Научно Исследовательских Университетов и участвуют в программе 5-100 (https://5top100.ru/), что обеспечивает особый режим финансирования. И судя по их местам в рейтинге, они эффективно это финансирование используют.
Так нет у нас топовых Вузов.По международному рейтингу МГУ уже где-то на 120-м месте или на 127-м.. Ну,а то,что внутри присуждают это не имеет ни какого отношения к реальности.