Нет, не теряет. Шоколадные хлопья не вступают ни в какие химические реакции с молоком и не нарушают его химический состав. Другое дело, если мы говорим о кипяченом молоке, при кипячении действительно большинство полезных веществ молока либо уничтожается, либо они переходят в нерастворимые комплексы, которые организм попросту не может усвоить. Но этим действием все равно нельзя пренебрегать, если Вы не уверены в качестве молока или купили его где-то на рынке, потому что потеря полезных свойств будет наименьшей из проблем, если Вы вдруг заразитесь какой-нибудь инфекцией от непроверенного сырья.