Связаны ли мифологические античные сюжеты с эзотерикой и мифами средневековья? Где можно проследить взаимосвязь?

Отчасти связаны, хотя в Средневековье античные мифы были не слишком популярны до эпохи Возрождения. Тем не менее, труды античных авторов сохранялись и пользовались большим авторитетом. В основном это были познавательные сочинения, так сказать, «политически нейтральные». Например, верили всему, что писал о животных Плиний в «Естественной истории». Во многом на основе его сочинений составлялись средневековые бестиарии и распространялись мифы о животных. До сих пор люди верят, что страусы прячут голову в песок — это заблуждение тоже берет начало у Плиния. Из-за Плиния в Средние века думали, что страус ест гвозди и подковы.

BNF Latin 6838 B, fol. 23, XIII век

А «непотребства» вроде Метаморфоз Овидия, из которых мы реконструируем мифы, охранялись строже, читать их не позволяли кому попало. Поэтому античные мифы были мало известны средневековому обывателю.
Иногда использовали сюжеты античной истории: например, переработали историю Александра Македонского и получился первый рыцарский роман «Роман об Александре».

В основном же античные традиции сохранялись в виде каких-то отголосков в иконографии, отдельных деталей, уже мало общего имеющих с оригинальной античной культурой. Люди средневековья уже вряд ли сами понимали, откуда берут начало эти традиции, и переносили их в совершенно другие контексты. Поэтому иногда можно увидеть библейские сюжеты с иконографическими деталями из Античности. Подробнее можно почитать в диссертации А.В. Пожидаевой «Цикл Творения в западноевропейском искусстве XI – начала XIII вв.: опыт иконографической генеалогии».

Только в эпоху Возрождения произошло подлинное открытие Античности.