Считается, что в теории есть одно спорное место. Не очень получается объяснить возникновение покрытосеменных растений. Они появились практически одномоментно, причем огромное множество разных видов. Если просчитать и промоделировать эволюцию, то вот это появление должно было занять гораздо больше времени. Сам Дарвин тоже был озадачен этим парадоксальным фактом. О других нестыкавках мне лично не известно.