Лучше посмотреть полностью так называемую мифологию - серии, посвящённые основной сюжетной линии. Разделение условно, но выделить эпизоды можно, найти легко на той же википедии. Это примерно треть от всех серий сериала, может меньше, много времени не займёт. Также советую посмотреть некоторые из "монстров недели". У меня есть свой личный список самых-самых эпизодов, но можно просто вбить в Гугл "лучшие серии секретных материалов", все любят ностальгировать.
А вообще, да, смотреть полностью стоит. Он затягивает просто как зыбучие пески. Его целиком посмотреть гораздо легче, чем даже прекрасного Доктора Хауса, спасибо потрясающей атмосфере, каждый раз создающейся заново, отличной музыке от потрясающего Марка Сноу, прекрасным костюмам и высокому качеству съёмки. Актёры очень хорошие, многое держится именно на игре, и слава богу. Также нельзя забывать, что он невероятно смешной! Юмор бывает намеренно толстый (чудесные намёки на мастурбацию и т.п.) и очень тонкий. Нереально доставляет взаимодействие между главными героями, а ведь оба не вполне привычны для телевидения в плане образов. Короче, если не посмотреть целиком, можно многое потерять. Годнота остаётся годнотой.
Однозначно стоит. Я смотрел и пересматривал все девять сезонов, так что не слушайте Василия. Ну или меня не слушайте. Но я думаю, что я ещё вернусь к этому сериалу.