Создал сервер Майнкрафт. Беру блоки (например, шалкер), и он превращается в камень, и так с многими блоками. Как исправить?

У тебя какая версия? Если ты используешь мульти версию а ядро на версии ниже там где нет блока/блоков которые ты хочешь поставить то это нормально. Чтобы исправить надо ядро сменить на версию где есть блоки те, которые есть в версии твоей.