Скорее регистрация несовершеннолетнего следует за регистрацией его родителя. Соответственно, при прекращении права проживания у сына, у внука оно тоже прекратится. Про исключения написал коллега.
Право сына прекратится в случае, если он выбыл на другое постоянное место жительства. В этом случае он утрачивает право пользования.
Поскольку родство собственника с сыном и внуком не прекращается, у собственника отсутствуют иные основания для выселения.
В то же время, если право проживание сына возникло после собственности, они подлежат снятию с учета как члены семьи собственника при отчуждении квартиры.
Что же касается вопроса признания утратившим право пользования, тут сложность представляет доказывание отрицательного факта (что сын не проживает фактически), который правильно доказывать только через положительный (что проживает по другому адресу). Реально собирают подтверждения неполучения почтовой корреспонденции, запрашивают медицинские и учебные заведения на предмет непосещения и опрашивают соседей.
В вопросах снятия с регистрационного учета много нюансов. Некоторые особенности видны из обзора: http://corprf.ru/obzor-praktiki-po-vyiseleniyu/
Пример дела о снятии с регистрационного учета http://corprf.ru/advices/dela/snyatie-s-registratsionnogo-ucheta-v-zhilom-pomeshhenii/
Выиграет обязательно,хотя.возможно,не сразу.Она -собственница-и на ее стороне Закон.Некоторое время можно пооспаривать и писать кассации,но это бесполезно.