Во-первых пока это никак не работает, кротовые норы и даже кандидаты в кротовые норы пока никто не видел. И для их существования требуются слишком экзотические условия, так что возможно их и нет вовсе.
Во-вторых работает это примерно так, как на иллюстрации к вопросу и в миллионе научпоп и фантастических фильмов - если муравью нужно проползти от одного края листа бумаги до другого, то может быстрее будет сложить лист, продырявить его, склеить края дырок с разных сторон, и пройти через получившийся тоннель.