Да. Если законы страны обязывают проходить воинскую службу, то саентологи её проходят. Саентологи стремятся соблюдать законы и проявляют себя как законопослушные граждане.
В России есть ФЗ "О воинской обязанности и военной службе", поэтому саентологи как граждане РФ обязаны проходить военную службу по призыву.
Существует нерелигиозный моральный кодекс "Дорога к счастью", написанный Л.Роном Хаббардом, в котором есть наставление 9, гласящее "Не делайте ничего противозаконного." Каждый саентолог, помимо всего прочего, стремится следовать этому кодексу.
Церковь Саентологии не налагает на своих членов и служителей каких-либо ограничений в отношении их гражданских прав и обязанностей, в том числе в отношении принятия ими личного решения о службе в Вооруженных силах.